Перечисляя в своей книге «Письма из Сибири» архитектурные достопримечательности Правобережья Иртыша, историк Петр Андреевич Словцов отмечает и «позолоченные маковицы Абалакской Обители».
До прихода русских в Сибирь Абалак был укрепленным татарским городком, куда, узнав о подходе Ермака к сибирской столице, хан Кучум спрятал свою старшую жену Самбулу. Одну из самых кровопролитных битв казаки выдержали на Абалакском озере. А историк Руслан Скрынников даже утверждает, что не взятие Искера – (Кашлыка), а победа под Абалаком определила успех экспедиции Ермака.
В XVII веке русские начинают селиться на Абалакском Погосте бок о бок с татарами, мирно уживаясь с ними. Наспех была построена деревянная церковь Преображения, которая, простояв более тридцати лет, сильно обветшала.
В 1636 году на Абалаке из сплавного леса построили новую Знаменскую церковь. Но постройке предшествовала чудесное знамение - явление иконы Пресвятой Богородицы бедной вдове Марии. Самая икона Абалакской Божьей Матери была написана позднее, по примеру древней новгородской иконы “Знамение” и отличалась от прототипа двумя предстоящими святыми Николаем Чудотворцем и Марией Египетской.
Николай Чудотворец (иначе Никола Угодник) был в Сибири, как и во всей России одним из любимых народных святых. Память его до сих пор отмечают два раза в год: 22 мая - Никола Вешний, 19 декабря - Никола Зимний.
Жизнь же святой Марии Египетской открывает всем путь сурового покаяния. В юном возрасте Мария бежала от родителей в Египет и там, скоро утратив свое целомудрие, 17 лет жила в большом грехе. Во время праздника пыталась она пройти в храм, но неведомая сила отбрасывала ее несколько раз. После этого Мария покаялась, ушла в пустыню, где провела 47 лет, первое время питаясь двумя хлебами, а затем жуками и кореньями. По народным представлениям, на Страшном Суде Мария Египетская будет судить всех блудниц.
В 1680 году деревянный храм в Абалаке сгорел и по царскому повелению в 1683 году была заложена каменная соборная церковь Знамения Пресвятой Богородицы. Храм был пятиглавый, а завершили его строительство в 1691 году. Таким образом Абалакская Знаменская церковь на пять лет младше Софийского собора в Тобольске.
В XVIII веке вместо пяти малых куполов был устроен один большой. Рядом со Знаменской церковью стали зимняя церковь святого Николая Чудотворца (1750) и колокольня с храмом преподобной Марии Египетской (1759).
В 1783 году возник на Абалаке мужской монастырь, по повелению Екатерины II сюда перевели монастырь из села Невьянского Пермского губернии. (В честь этого события была построена четвертая церковь деревянная Богоявленская). С этого времени обитель стала принимать обильный поток богомольцев.
В XIX веке в монастыре перестаиваются храмы, возводятся Святые ворота, настоятельский корпус, здание монастырской гостиницы, монашеские кельи.
В 1806 г. монастырь был огражден кирпичной стеной. Общая его площадь стала составлять 300 погонных сажен (около 600 кв. метров). В 1832 г. по специальному указу духовной консистории ветхая Богоявленская церковь была разобрана.
Новый XX век приносит для обители тяжелые испытания. Во время Гражданской (в 1919 г.) войны исчезает чудотворная икона. До сих пор точно не установлено, кто причастен к ее пропаже, или уничтожили красные, или вывезла отступающая Белая армия, или хранится она в какой-нибудь глухой деревушке у старушки-знахарки, продолжая исцелять больных.
В период становления советской власти в храмах Преображенки и в с. Абалак было изъято около 200 килограмм серебра, 5 килограмм золота и 627 драгоценных камней.
В разные годы в монастыре располагались пионерский лагерь, колония для малолетних преступников, колхозная МТС.
С начала 1990-х годов монастырь восстанавливается и реставрируется, а паломники молятся перед списком с чудотворной иконы.
От этой иконы и сейчас происходят чудеса исцеления. В 1994 г. в монастырь посетил Святейший Патриарх Всея Руси Алексий II.