Музейный комплекс состоит из постоянной экспозиции, фондов и библиотеки. В фондах музея хранятся свыше 300 дел, из них 275 личных, 38 тематических. Вместе взятые личные и семейные фонды ветеранов труда позволяют воссоздать и оценить впечатляющий образ Народного учителя, призванного словом и делом утверждать в обществе «разумное, доброе, вечное». Музей имеет интересные коллекции: произведения художников и скульпторов; изделия народного творчества; значки, ордена и медали; композиции из дерева, кости, керамики, пластики. Нашей гордостью являются комплект юбилейных медалей «Русские и зарубежные писатели», «Славен город Тобольск», серии открыток по темам «Тобольск старый», «Тобольск современный», «Из жизни гимназистов» и другие; учебные приборы и наглядные пособия, свидетельствующие о разных этапах развития народного образования.
Библиотечный фонд музея скомплектован из учебно-методической литературы, подаренной в разное время учителями школ и преподавателями институтов. Определенную помощь литературой оказали Государственные библиотеки им. В. И. Ленина и им. К. Д. Ушинского. В библиотеке музея представлена педагогическая, научная, учебно-методическая литература, учебники, педагогические журналы и газеты дореволюционных и современных изданий.
Общая экспозиция музея состоит из двух отделов: дореволюционного и современного. В первом отделе (конец XIX - начало XX веков, до 1917 г.) отражены две темы, оформлены два интерьера: класс церковно-приходской школы и кабинет физики в гимназии. Во втором отделе экспозиции (1917 - 2002 гг.) отражены двенадцать тем. Оформлен интерьер школы ликвидации безграмотности (ликбез).
